Phobia

В 2006 году группа выпускает свой третий альбом под названием "Phobia" и начинает пробираться на вершины чартов.
Летом этого же года группа выпускает в свет первый сингл с нового альбома - "The Diary of Jane". Сингл вошёл в 10-ку лучших песен в категории модерн-рок по версии Billboard за 2007 год.
Позднее, весной 2007 года выходит второй сингл - Breath.
Осенью того же года выходит третий, последний сингл альбома - Until the End. Сингл, в отличие от двух предыдущих, вышел без клипа, и, как и Breath, не сумел побить успех The Diary of Jane.
В феврале 2007 года выступление группы на Stabler Arena (город Бетлехем, Пенсильвания) было записано и вышло в продажу на DVD под названием Live - The Homecoming, общей длительностью 1 час. Это первый концерт Breaking Benjamin, официально вышедший на DVD.